Naskah yang diterima akan diperiksa kesesuaiannya dengan standar format JPE. Naskah juga akan menjalani penyaringan plagiarisme menggunakan perangkat lunak Turnitin, dengan batas toleransi kesamaan ≤25%. Naskah yang tidak memenuhi standar format akan dikembalikan kepada Penulis, sementara naskah yang memenuhi syarat akan dilanjutkan ke tahap berikutnya.
Pemimpin Redaksi akan menugaskan naskah kepada Editor terkait untuk diproses lebih lanjut. Setelah lolos seleksi administratif, Pemimpin Redaksi dan Editor Asosiasi akan melakukan tinjauan prakualifikasi terhadap naskah yang diajukan untuk menentukan kelayakannya untuk ditinjau lebih lanjut. Tinjauan ini meliputi evaluasi kesesuaian topik naskah dengan cakupan JPE, serta penilaian kebaruan, tujuan, metode, dan dampak ilmiah naskah. Naskah yang dianggap tidak layak akan ditolak, sementara naskah yang dianggap layak akan dikirimkan kepada Peninjau.
Jika naskah berada dalam cakupan jurnal, Editor akan menugaskannya kepada setidaknya dua Peninjau untuk dievaluasi (Putaran Peninjauan 1). Peninjau diberi waktu dua minggu untuk melakukan peninjauan menyeluruh. Jika Peninjau utama memberikan rekomendasi yang bertentangan, Peninjau tambahan akan ditugaskan. Semua naskah menjalani proses peninjauan sejawat double-blind (Peninjau tidak mengetahui identitas Penulis, dan Penulis juga tidak mengetahui identitas Peninjau). Hal ini memastikan objektivitas dan keadilan dengan menghilangkan potensi bias sehingga naskah dievaluasi murni berdasarkan substansi dan kualitas penelitian.
Pemimpin Redaksi akan membuat keputusan akhir mengenai naskah setelah mempertimbangkan komentar para Peninjau.
Untuk naskah yang masuk ke tahap revisi (sesuai keputusan Pemimpin Redaksi), Penulis diharapkan merevisi naskah berdasarkan masukan dari Peninjau dan menyerahkan naskah hasil revisi dalam waktu dua minggu.
Editor akan meninjau naskah yang telah direvisi. Keputusan selanjutnya akan dibuat untuk menentukan apakah revisi tersebut sesuai. Jika tidak, naskah akan dikembalikan kepada Penulis. Setelah revisi dianggap memuaskan, naskah akan diteruskan kepada Pemimpin Redaksi.
Pemimpin Redaksi menentukan status akhir naskah. Naskah yang diterima akan ditindaklanjuti dengan surat penerimaan yang akan dikirimkan kepada Penulis.
Tata letak akhir kemudian akan diunggah ke sistem. Metadata (termasuk judul, nama penulis, afiliasi, abstrak, kata kunci, dan referensi) akan diverifikasi, dan artikel akan diunggah daring. Jurnal kemudian akan dipublikasikan daring.